Avant d'entrer dans la réponse de ' Comment Madara a-t-elle obtenu le Rinnegan ” en détail, nous traiterons d'abord de la réponse courte
Réponse courte
Madara avait à la fois les chakras d'Asura Otsutsuki et d'Indra Otsutsuki, ce qui a conduit au réveil de Rinnegan.
Explication
Pour entrer dans la réponse longue, nous devons d'abord corriger les idées fausses courantes :
Rinnegan n'est pas une évolution du Sharingan, c'est plus un dojutsu frère (comme la relation des deux avec le Byakugan).
En d'autres termes, bien que le Rinnegan, le Sharingan et le Byakugan aient des origines similaires (c'est-à-dire Kaguya), ils étaient séparés les uns des autres), ils ne sont pas liés les uns aux autres comme, par exemple, le Sharingan et le Mangekyo Sharingan. 
Hagoromo déclare que pour l'obtenir, il faut avoir le chakra de Hagoromo, obtenu en ayant à la fois le chakra d'Asura et d'Indra.
Ergo, l'hypothèse de Kabuto sur la façon d'obtenir le Rinnegan (Chakra Senju & Uchiha + Sharingan)… 
… N'est pas tout à fait vrai. Par exemple, si la réincarnation d'Asura réussissait à obtenir le chakra d'Indra d'une manière ou d'une autre, il finirait par réveiller également le Rinnegan.
Avec ces éléments à l'esprit, le Rinnegan est extrêmement rare, et Black Zetsu note que même lorsqu'il a essayé de manipuler les réincarnations précédentes d'Indra et d'Asura, il n'a pas été en mesure de les faire réveiller le Rinnegan.
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Avec ces éléments à l'esprit, obtenir le Rinnegan, peu importe comment, a tendance à être un exploit en soi, en particulier en ce qui concerne Madara.
Dans le cas de ce dernier, le légendaire Uchiha a combattu Hashirama et lui a mordu la chair ainsi que son chakra.
Puisque Hashirama et Madara sont respectivement les réincarnations d'Asura et d'Indra, cela signifie que Madara avait déjà rempli les conditions initiales pour obtenir le Rinnegan.
Après avoir craché la chair qu'il a mordue à Hashirama, il l'a implantée - et le chakra qui l'accompagne - sur lui-même.
Cela a conduit Madara à gagner le Rinnegan dans sa vieillesse. Cependant, comme il était presque trop vieux pour poursuivre seul le plan Eye of the Moon, il a donné le Rinnegan à Nagato alors que ce dernier était encore un enfant, sans que personne ne le remarque.
Conscient de sa propre mortalité, Madara prévoyait que Nagato le ressusciterait avec le Rinne Tensei une fois que son plan Eye of the Moon serait presque terminé.
Au moment où Madara a formé Obito et est mort, il n'avait plus le Rinnegan. Cependant, il l'a retrouvé grâce à Kabuto lorsque ce dernier l'a ressuscité avec Edo Tensei.
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Kabuto a implanté des cellules Hashirama dans Madara, amenant ce dernier à retrouver ce qui semblait être une forme limitée du Rinnegan.
Comme dans, bien qu'il ait le Rinnegan lui-même, Madara avait toujours besoin d'un porteur de Rinnegan vivant (Obito au moment de sa résurrection par Edo Tensei) pour le ressusciter avec le Rinne Tensei.
Lors de sa résurrection en chair et en os - grâce à un Obito contrôlé par Black Zetsu -, Madara a perdu le Rinnegan Kabuto qui l'avait fait, car ces yeux étaient, essentiellement, ' faux ' .
Cependant, il a retrouvé son tout premier œil Rinnegan grâce à un Zetsu blanc qui l'a trouvé : Obito, incapable de manier les deux yeux Rinnegan, l'avait caché pour le garder.
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Au cours de cette même occasion, il a également coupé le bras du Zetsu qui lui a rendu son œil Rinnegan : il avait perdu son propre bras auparavant et s'est greffé le bras Zetsu coupé pour compenser cette perte.
Il a retrouvé son deuxième œil Rinnegan grâce à un processus complexe : il a d'abord volé le Sharingan de Kakashi pour acquérir la capacité d'utiliser Kamui.
Dès lors, il put entrer dans la dimension Kamui où Sakura et Obito venaient de sauver la vie de Naruto. Cependant, Sakura n'a pas pu détruire le Rinnegan d'Obito comme ce dernier l'a demandé avant l'arrivée de Madara.
Madara a fait d'une pierre deux coups, non seulement il a fait reprendre Obito par Black Zetsu – puisque ce dernier avait auparavant maîtrisé son contrôle pour aider l'Alliance Shinobi – mais il a retrouvé son Rinnegan et a redonné à la mort d'Obito Kakashi.
Contrairement aux fois précédentes, Madara n'a pas perdu son Rinnegan à partir de là, le gardant jusqu'à sa mort définitive.
Ce qui s'est passé à partir de ce moment n'est pas clair, bien que des headcanons aient été faits sur leur sort, certains pensent qu'ils ont été gardés comme des yeux de rechange, d'autres pensent qu'ils ont été détruits en raison de leur pouvoir écrasant qui les a rendus trop puissants à long terme.
J'espère que cela aide.
J'espère que vous avez aimé 'Comment Madara a-t-elle obtenu le Rinnegan'
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